根據(jù)工作職責，區(qū)審計局設(shè)7個內(nèi)設(shè)機構(gòu)，現(xiàn)有1個下屬事業(yè)單位。

（一）辦公室

負責審計委員會協(xié)調(diào)工作；負責機關(guān)日常運轉(zhuǎn)，承擔文電、會務、政務、財務、人事管理、資產(chǎn)管理、檔案管理等工作。

（二）法規(guī)審理股

負責全區(qū)審計系統(tǒng)的法制工作，擬定全區(qū)審計工作規(guī)劃和年度審計項目計劃；負責審計項目的審理審核和質(zhì)量檢查及評估工作；負責內(nèi)部審計工作；承擔機關(guān)行政復議、行政應訴等工作。

（三）財政金融審計股

組織審計區(qū)級預算執(zhí)行和其他財政收支情況；負責起草區(qū)級財政預算執(zhí)行審計結(jié)果報告和綜合、專題審計報告。牽頭負責對國家重大政策措施貫徹落實情況開展相關(guān)審計工作或?qū)ｍ棇徲嬚{(diào)查。

（四）行政事業(yè)審計股

負責并組織審計區(qū)級各部門及各街鎮(zhèn)管理的與財政撥款有關(guān)的機關(guān)、團體財政財務收支情況。

（五）農(nóng)業(yè)與資源環(huán)保審計股

負責并組織審計農(nóng)林水專項資金、扶貧資金、資源和生態(tài)環(huán)境保護資金及財務收支情況；負責對國家政策貫徹落實情況開展相關(guān)審計和專項審計調(diào)查。

（六）經(jīng)貿(mào)與社會保障審計股

負責并組織審計區(qū)屬國有企業(yè)和國有資本占控股地位或主導地位的企業(yè)資產(chǎn)、負債、損益等情況；開展社會保障基金、社會福利和各類救助及捐贈資金審計；負責計算機審計工作，組織開展審計業(yè)務電子數(shù)據(jù)的采集、驗收、整理和綜合分析利用等。

（七）固定資產(chǎn)投資審計與稽察股

負責并組織審計區(qū)政府投資和以區(qū)政府投資為主的建設(shè)項目的預算執(zhí)行情況和決算及其他關(guān)系國家利益和社會公益的建設(shè)項目；承擔重大項目的稽察工作。

區(qū)審計局下屬1個事業(yè)單位為區(qū)審計事務服務中心。