根據(jù)工作職責，區(qū)水務(wù)局設(shè)6個內(nèi)設(shè)機構(gòu)，現(xiàn)有9個下屬事業(yè)單位。

（一）黨政辦公室。負責局機關(guān)日常運轉(zhuǎn)工作；負責重要會議協(xié)調(diào)和決定事項的督辦，負責重要文件稿草擬審核、公文管理、政務(wù)公開、應急值守、網(wǎng)絡(luò)信息、新聞宣傳發(fā)布、機要、保密、檔案、接待、信訪、安全、后勤保障和固定資產(chǎn)管理等工作；承擔機關(guān)及局屬單位的干部人事、機構(gòu)編制、勞動工資；指導水利行業(yè)人才隊伍建設(shè)；組織實施目標責任考核工作；負責局機關(guān)和局屬單位的黨群、黨風廉政建設(shè)等工作。

（二）財務(wù)審計股。管理局屬系統(tǒng)預、決算；承擔局機關(guān)財務(wù)核算管理工作；指導局屬單位財務(wù)管理工作；負責局屬系統(tǒng)政府采購和國有資產(chǎn)的監(jiān)督管理工作；負責局屬單位內(nèi)部審計工作；承擔局屬單位中央、省級和市級水利資金的監(jiān)督管理工作。

（三）水利工程股（河庫股）。負責全區(qū)水利工程建設(shè)的行業(yè)管理；指導水利工程蓄水安全鑒定和驗收；負責小型水利工程項目申報、立項、批復招標及驗收；指導全區(qū)河流干堤、重要病險水庫的除險加固；指導全區(qū)重要河流、湖泊、水庫、灘涂的開發(fā)、治理和保護；組織編制水利發(fā)展規(guī)劃及年度計劃工作。

（四）農(nóng)村供水管理辦公室。負責對全區(qū)農(nóng)村飲水現(xiàn)狀進行調(diào)研論證，做好全區(qū)農(nóng)村供水工程項目的規(guī)劃、設(shè)計；負責農(nóng)村供水工程建設(shè)管理、竣工驗收；負責制定有關(guān)農(nóng)村供水方面的制度和管理辦法，對農(nóng)村供水運行、水質(zhì)安全、工程維護等進行監(jiān)督管理，做好節(jié)約用水的宣傳教育工作。

（五）水政法規(guī)股(水旱災害防御股）。指導水利行政許可工作并監(jiān)督檢查；指導水利普法工作；起草水利方面的地方性法規(guī)和政府規(guī)章草案；承辦局行政應訴、行政復議和行政賠償?shù)裙ぷ鳎唤M織指導水政監(jiān)察和水行政執(zhí)法，協(xié)調(diào)跨流域、跨區(qū)域的水事糾紛，組織查處重大涉水違法事件。負責全區(qū)水情旱情監(jiān)測預警工作；組織編制洪水干旱防治規(guī)劃和防護標準、重要河流和重要水工程的防御旱災調(diào)度以及應急水量調(diào)度方案并組織實施；組織協(xié)調(diào)指導蓄滯洪區(qū)安全建設(shè)、管理和運用補償工作。承擔防洪保護區(qū)的洪水影響評價工作。

（六）水保移民開發(fā)股。負責全區(qū)水土流失綜合防治、監(jiān)督管理和監(jiān)測評價；組織編制全區(qū)水土保持規(guī)劃并監(jiān)督實施；組織全區(qū)水土流失調(diào)查、動態(tài)監(jiān)測、預報并公示；指導水土保持重點工程實施；承擔全區(qū)能源開采水保補償費征稽管理工作。負責全區(qū)水利工程移民規(guī)劃、計劃、審批工作；負責和指導移民安置及驗收工作；負責后期扶持的指導和監(jiān)督管理工作。

區(qū)水務(wù)局下屬9個事業(yè)單位為渭南市臨渭區(qū)水土保持和移民工作中心、渭南市臨渭區(qū)渭北飲改水工程管理處、渭南市臨渭區(qū)渭北排灌工程管理處、渭南市臨渭區(qū)水資源工作中心、渭南市臨渭區(qū)水政監(jiān)察大隊、渭南市臨渭區(qū)水利工程質(zhì)量安全監(jiān)督站、渭南市臨渭區(qū)河道管理站、渭南市臨渭區(qū)水利物資管理站、渭南市臨渭區(qū)箭峪水庫灌溉管理處。